Несмотря на столь тщательную работу над «Пуниным и Бабуриным», эта повесть, очевидно, по-прежнему не вполне удовлетворяла писателя. Еще до выхода ее из печати Тургенев писал
Полонскому: «В апрельском № “В<естника> Е<вропы>“ появится моя небольшая повесть, которая, вероятно, также получит фиаско. Кое-что в ней есть — но, говоря по совести, этого „кое-чего“ немного» (письмо от 23 марта (4 апреля) 1874 г.).
В том же 1874 г. Тургенев вновь доработал текст «Пунина и Бабурина» для издававшегося тогда собрания его сочинений, включив в него весьма существенные добавления, относящиеся — за несколькими исключениями — к образу Бабурина.
Так, продолжая углублять и конкретизировать образ республиканца, Тургенев ввел страстный обвинительный монолог Бабурина против современного ему правительства: «Но вот внезапно — в подобном состоянии» (с. 54), и лаконичное, но яркое его замечание о дворянах: «Чужими руками… жар загребать… это вы любите» (с. 54). Объяснена была и причина ареста героя: «…оказалось — при их беседах» (с. 58). Значителен также включенный писателем в повествование спор Тархова и Петра Петровича о Бабурине и его отношении к Музе, где рассказчик, опровергая во многом субъективные и несправедливые выпады Тархова против республиканца, характеризует последнего, как натуру честную и благородную: «Ты, конечно, прав — тысячу раз прав…» и «Я должен сознаться — честный тупец!!» (с. 41–42). Тогда же внес Тургенев в текст диалог между Бабуриным и Музой о республике: «Парамон Семеныч! — с лежанки Пунин» (с. 44).
Некоторые исправления, внесенные в повесть, были, очевидно, ответом писателя и на замечания критиков. Однако существа образа республиканца они не коснулись, несмотря на то, что именно главный герой и вызвал основные возражения, а порой и просто грубые нападки со стороны рецензентов.
В результате доработок были расширены описание сада («Лишь кое-где — „куриной слепоты“» — с. 10) и сцена чтения «Россиады» («Всё вокруг — тайное дело…» — с. 18). Были также внесены дополнения в эпизод отправки на поселение Ермила: «для исполнения — в тот же день» (с. 24). По всей вероятности, в ответ на обвинения Б. Маркевича в полном незнании господствовавших в то время формальных законов, Тургенев включил в текст упоминание о «законных формальностях», отметив тут же, что они на деле никак не ограничивали произвола помещиков.
По поводу исправленного текста Тургенев писал 14 (26) февраля 1875 г. Суворину: «Дайте себе труд перечесть „Пунина и Бабурина“. Я эту вещь переделал и поправил — и хотя всё еще ею недоволен, но мне кажется, в ней что-то есть. Но и это, может быть, самообольщение старика насчет последнего своего детища?»
В дальнейшем, готовя текст повести для собраний своих сочинений, вышедших в 1880 и 1883 годах, писатель ограничивался лишь немногими стилистическими исправлениями.
Всё сказанное убеждает в том, что работа Тургенева над этим произведением была упорной и трудной. Это подтверждается, в частности, и записью на титульном листе чернового автографа: «Писано с громадными перерывами».
«Пунин и Бабурин», пожалуй, самая крупная повесть, примыкающая по своему идейному замыслу к последнему роману писателя «Новь», — повесть, создававшаяся во время перерывов в работе над этим романом, персонажи которого должны были стать воплощением новых взглядов Тургенева на тип «полезного» общественного деятеля, необходимый в политических условиях России 1870-х годов.
В это же время Тургенев пишет целый ряд рассказов, действие которых отнесено к прошлому, к 1830-м — 1840-м годам. Это «Бригадир» (1868), «Несчастная» (1869), «Странная история» и «Степной король Лир» (1870), «Стук… стук… стук!..» (1871). Более того, Тургенев возвращается к «Запискам охотника» и дополняет их тремя рассказами: «Стучит!», «Живые мощи» и «Конец Чертопханова». Всё это не было отмежеванием от действительности. Кажущийся уход в прошлое таил в себе глубокий смысл: в прошлом писатель стремился найти истоки многих современных ему явлений русской жизни; еще и еще раз наблюдая русский национальный характер, «русскую суть», он пытался ответить на самые злободневные вопросы. Повесть «Пунин и Бабурин» была для писателя новой попыткой в этом направлении.
Со страниц повести встает образ незаурядной личности мещанина-республиканца, энергично протестующего против деспотизма и произвола власть имущих. В конце повествования оказывается, что Бабурин был участником дела петрашевцев, оставившего глубокий след в русской общественной жизни. По справедливому замечанию Б. Саннинского, Тургенев нарисовал в Бабурине «своеобразного предшественника Базарова, деятеля разночинного периода русского освободительного движения». Тем самым он первым в русской литературе указал «на новый социально-психологический тип — разночинца». Именно Бабурина, а не «помещика-рассказчика» делает Тургенев наследником идей дворянских революционеров-декабристов. В свете этого обстоятельства особый интерес приобретает признание писателя о том, что Бабурин «списан с живого лица» (см.: Т сб (Пиксанов), с. 132), — иными словами, принципиально важным становится вопрос о реальном прототипе этого героя. Известно, что среди членов кружка Петрашевского у Тургенева было немало знакомых — Ф. М. Достоевский, А. Н. Майков, А. Н. Плещеев, близкие к этому кругу И. П. Арапетов, Н. В. Ханыков, и писателю было многое известно о деятельности кружка. Тем интереснее, что среди близкого окружения петрашевцев действительно был и представитель разночинных слоев — владелец табачной лавки мещанин П. Г. Шапошников — человек республиканских убеждений, общавшийся с людьми круга Петрашевского, привлеченный к суду по их делу и сосланный в Оренбургские линейные батальоны за попытку участия в политическом заговоре. Есть основание полагать, что именно он мог послужить Тургеневу прототипом при создании образа Бабурина. Вполне возможно, что об оригинальной и необычной даже для петрашевцев фигуре Шапошникова Тургеневу рассказал Н. В. Ханыков, с которым писатель тесно общался в Париже в период создания повести. Более того, не исключена и вероятность личного знакомства Тургенева с Шапошниковым по возвращении последнего из ссылки, когда он работал наборщиком в типографии Каткова (подробнее об этом см.: Турьян М. О прототипе Бабурина. — Русская литература, 1963, № 1, с. 178–180).